Es director de la Red de Institutos Franceses de Estudios Avanzados, que reúne a algunos de los investigadores más importantes en humanidades y ciencias sociales de Francia. Anteriormente fue profesor de economía en la Universidad de París I Panthéon-Sorbonne, investigador del Centro Francés de Investigación en Ciencias Sociales en Praga e investigador principal de la Organización para la Cooperación y el Desarrollo Económicos en París. También ha ocupado cargos como director de los servicios culturales y científicos franceses en Roma y Boston. Bouin tiene un doctorado en economía de la École des Hautes Études en Sciences Sociales, una maestría en ciencias políticas del Institut d'Études Politiques de Paris y una maestría en economía internacional de la Universidad de Paris-Dauphine.