Mikel Ayestaran nació en Beasáin, provincia de Guipúzcoa en 1975. Desde muy joven compaginó sus estudios con su pasión por viajar. Dio sus primeros pasos como profesional del medio en El Faro de Ceuta. En 2005 decide dejar las redacciones tras estar una década en la de El Diario Vasco y comienza su aventura como freelance dedicándose a los conflictos abiertos en Oriente Medio. Su bautismo de fuego fue en 2006 cuando se produjo la invasión israelí de Líbano, dedicándose también a Irán, Irak, Afganistán y Pakistán. Ha viajado a Israel y a Territorios Palestinos cuando se producían crisis, cubriendo tres ofensivas de Israel contra la Franja de Gaza entre 2008 y 2014. En 2011 con la llegada de la «primavera árabe» recorre Túnez, Egipto, Libia, Yemen y Siria.

Desde 2015 reside en Jerusalén junto con su familia, trabajando allí como periodista multimedia y cubriendo toda la región.