Es doctor en economía por la Universidad de Western Ontario, además formado como estadístico en ENSAE Paris (Escuela Nacional Francesa de Estadística y Economía).
Es el ex economista jefe (2003-2007) del Banco Mundial. Ha sido Director de la Escuela de Economía de París, y de 1985 a su retiro en 2013 un profesor de economía en la Escuela de Altos Estudios en Ciencias Sociales de París. En 2016 Bourguignon recibió el premio Dan David.