Los orígenes de Fernando Iwasaki abarcan, al menos, cuatro países de tres continentes: su bisabuelo materno era italiano; su abuelo paterno, un japonés que se afincó en Lima en la década de 1920; y la abuela materna, ecuatoriana. Sus padres, Lila Rosa Cauti Franco y Gonzalo Iwasaki Sánchez, se casaron el 18 de enero de 1958. Un año después, nacía Gonzalo; y el 5 de junio de 1961, llegaba al mundo Fernando, el segundo de una familia que pronto se convertiría en numerosa: María Lila (1962), Miguel (1965), Rosario (1968), Gustavo (1973) y Susana (1975).

Cuenta Fernando Iwasaki que el crecimiento de la familia propició su temprana escolarización: con cuatro años y dos hermanos menores, entró en el Marcelino Champagnat. El colegio estaba en el distrito limeño de Miraflores, que aún era el barrio de clase media descrito por Mario Vargas. En Los cachorros (1967), el perro Judas emascula a Cuéllar en las duchas del Champagnat, y esa castración -símbolo quizá de la alienación educativa- impide su plena integración social. Lejos de las interpretaciones literarias, Fernando y sus compañeros creían que Judas estaba disecado en el museo del colegio. Iwasaki rememora así a su primera maestra: sólo en los cuentos de la madre Paloma los zorros sonaban como zorros y las canastas se convertían en cestas [...]. Mamá me explicó que la madre Paloma había nacido en otro país que se llamaba España [...]. ¿Cómo llamaría la madre Paloma a los callos de los pies? A lo mejor mondongo. Ese fue el comienzo de una serie de precoces dudas y reflexiones sobre la lengua y el sexo.